La calidad del agua de riego es un factor muy a tener en cuenta en riego por goteo. Por ello, debe mantenerse un control de la misma. Ese control es especialmente necesario en fertirrigación, ya que pueden producirse insolubilizaciones de sales (fundamentalmente las de calcio) que pueden obturar los goteros o producir incrustaciones en las tuberías que acabarán afectando negativamente al funcionamiento de la instalación.